Der Verlust von Lebensräumen, der Einsatz von Pestiziden und intensive landwirtschaftliche Praktiken haben dazu geführt, dass die Zahl der Insekten, auf die die Fledermäuse als einzige Nahrungsquelle angewiesen sind, reduziert wird.
Einige Pflanzen sind teilweise oder ganz auf Fledermäusen angewiesen, um ihre Blumen zu bestäuben oder ihre Samen zu verbreiten , während andere Fledermäuse auch helfen , Schädlinge durch das Essen von Insekten zu bekämpfen.
Wichtigstes rechtliches Instrument zum Schutz der Fledermäuse ist die europäische Fauna-Flora-Habitat (FFH)-Richtlinie. Die korrekte deutsche Bezeichnung der FFH-Richtlinie lautet: Richtlinie 92/43/EWG des Rates vom 21. Mai 1992 zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen.